Ở tuổi 35, Pepe đã trở thành cầu thủ tự do khi đạt thỏa thuận chấm dứt hợp đồng với Besiktas. Dù vậy, anh không mất nhiều thời gian để tìm điểm dừng chân mới. Song song với việc rời Besiktas, Pepe đã đàm phán để trở lại CLB cũ Porto. Trung vệ người Bồ Đào Nha sắp đặt bút ký vào bản hợp đồng có thời hạn đến tháng 6/2020 cùng đội chủ sân Dragao.
Porto không phải là CLB duy nhất quan tâm tới Pepe. Wolves của Ngoại hạng Anh, Al Gharafa của Qatar và Al Ittihad của Saudi Arabia là 3 đội bóng khác muốn có chữ ký của trung vệ 35 tuổi. Thế nhưng, Pepe đã nghe lời gia đình để trở lại quê nhà Bồ Đào Nha thi đấu.
Trong quá khứ, Pepe từng có 3 năm khoác áo Porto (từ năm 2004-2007). Anh có 88 lần ra sân trên tất cả các đấu trường cho Porto. Trung vệ này cùng đội chủ sân Dragao đoạt danh hiệu VĐQG Bồ Đào Nha mùa 2005/06 và 2006/07, cúp Quốc gia mùa 2005/06 và cúp Liên lục địa năm 2004.
Pepe được biết đến nhiều nhất trong khoảng thời gian chơi cho Real Madrid từ năm 2007 đến 2017. Tại sân Bernabeu, anh có thêm 3 danh hiệu La Liga và có 3 lần nâng cao chiếc cúp Champions League danh giá.