Màn rượt đuổi tỉ số vẫn chưa dừng lại. Bởi 2 phút sau bàn thắng của Henry, Hoàng Quãng tỏa sáng khi ghi bàn thắng rút ngắn tỉ số xuống 2-3 cho SHB.ĐN. Bàn thắng của Hoàng Quãng khiến SHB.ĐN cực kỳ hưng phấn, họ đẩy đội chủ nhà vào thế chống đỡ. Tới phút 78, Merlo thực hiện pha đánh đầu đẳng cấp, gỡ hòa 3-3 cho đội khách. Một trận đấu kịch tính và hấp dẫn.

Phút 83, sau tình huống dàn xếp đá phạt, Đình Hiệp bất ngờ thực hiện pha dứt điểm bằng đầu, qua đó giúp đội chủ nhà lần nữa vượt lên dẫn bàn trước các vị khách. Tưởng như bàn thắng của Đình Hiệp sẽ đập tan ý chí của SHB.ĐN, nhưng đúng vào phút cuối cùng của trận đấu, Hà Minh Tuấn đã cân bằng tỉ số 4-4. Tình huống này cũng được kết thúc bằng pha dứt điểm bằng đầu.

Kết thúc với tỉ số hòa 4-4, cả hai đội phải bước vào loạt luân lưu. Với bản lĩnh của đội bóng lớn hơn, SHB.ĐN đã đánh bại đội chủ nhà Đồng Nai với tỉ số luân lưu chung cuộc 4-3.

Ở cặp bán kết khác giữa  ĐTLA và V.NB, thế trận cũng diễn ra hấp dẫn không kém. Hai đội tạo nên cuộc rượt đuổi bàn thắng ngoạn mục và sau 90 phút chính thức, tỉ số là 3-3. Hệt như trận đấu giữa Đồng Nai và SHB.ĐN, cặp đấu ĐTLA và V.NB buộc phải giải quyết thắng thua bằng penalty. Ở loạt đấu này, thủ môn Nguyễn Mạnh Dũng chơi xuất sắc khi cả phá thành công 2 quả 11m, qua đó giúp V.NB vào chơi chung kết bằng chiến thắng với tỷ số 4-3.

Như vậy, trận chung kết Cúp QG 2013 sẽ là cuộc thư hùng giữa SHB.ĐN và V.NB. Trận đấu này diễn ra vào ngày 5/9/2013.