Cầu thủ 30 tuổi bị đứt dây chằng đầu gối trong chiến thắng 4-0 của Juve trước Palermo tại vòng 33 Serie A 2015/16. Chấn thương kinh hoàng này khiến Marchisio không thể tham dự EURO 2016 cùng ĐT Italia. Dù vậy, anh chuẩn bị quay lại sân cỏ khi quá trình hồi phục diễn ra rất nhanh.
Bản thân Marchisio cũng cho biết anh đã tập luyện trở lại cùng toàn đội trong những ngày vừa qua: "Tôi đang cảm thấy rất ổn. Tôi đã nỗ lực trong suốt cả mùa hè để bình phục nhanh nhất có thể. Tôi đã quay lại với toàn đội, tập luyện với bóng và tôi có thể cảm nhận ngày xỏ giầy ra sân không còn xa".
Ở mùa giải này, Marchisio chưa ra sân lần nào cho Juventus. Tuy nhiên, anh vẫn là trụ cột của nhà ĐKVĐ Italia với hơn 300 lần ra sân trên mọi đấu trường kể từ khi có lần ra mắt đội 1 tại mùa 2006/07. Anh đã cùng "Lão bà" đoạt 5 chức vô địch Serie A liên tiếp.