Hè 2017, Bonucci bất ngờ chia tay Juve để tới Milan, tức là ròi một CLB đang ở đỉnh cao Serie A để sang một đội bóng đang trong quá trình tái thiết. Nhưng mùa 2017/18, những gì diễn ra ở San Sỉro là nỗi thất vọng lớn. Milan không thể giành vé dự Champions League và điều này lại khiến Bonucci quay lại Juve. Để rồi bây giờ, Bonucci đang tỏa sáng rực rỡ trong màu áo sọc đen trắng. 

Bonucci đã đá chính 23 trận ở Serie A, chơi tổng cộng 1.996 phút. Anh trở thành phần không thể thiếu ở hàng thủ Juve. Bonucci cũng đá không thiếu phút nào ở Champions League 2018/19, góp công lớn đưa Juve vào tứ kết giải đấu này. Bonucci trở lại Juve để được thoả sức vùng vẫy ở những sân chơi lớn đúng với đẳng cấp của mình, để làm dày bộ sưu tập danh hiệu, thay vì phải chịu cảnh “mồ côi” những chức vô địch như khi đá cho Milan. 

Thực tế, Bonucci hiện là hình ảnh tiêu biểu cho sự khác biệt giữa Juve và Milan thời gian gần đây. Ở Juve, các cầu thủ có cơ hội lập danh như nhau, miễn là thể hiện được khả năng và hòa nhập được với cơ chế vận hành của đội bóng. Nhưng cơ hội để thành công ở Milan hạn chế hơn rất nhiều, khi những cầu thủ có tài không nhận được sự hỗ trợ từ các đồng đội tương xứng. Bonucci, Higuain, Caldara và trước đó là Matri, đều đã thất bại thảm hại khi từ Juve chuyển sang Milan. Trở về Juve, Bonucci lập tức lấy lại vị thế của một trong những trung vệ hay nhất thế giới, so với sự ủ dột suốt 1 năm khoác áo đỏ-đen.