Kể từ đầu mùa Ngoại hạng Anh 2017/18, Mkhitaryan đã thi đấu ít nhất 45 phút mỗi trận trong 11 vòng đầu cho M.U. Tiền vệ người Armenia đạt phong độ rất cao ở 5 vòng đầu, ghi 1 bàn và có 5 kiến tạo. Thế nhưng, anh hoàn toàn im tiếng ở 6 trận tiếp theo của M.U ở Ngoại hạng Anh. Đến vòng 12, Mkhitaryan đã bị Mourinho cho ra khỏi đội hình tham dự trận đấu với Newcastle.
Quyết định của Mourinho làm dấy lên tin đồn mối quan hệ giữa ông và Mkhitaryan đã rạn nứt. Song Mourinho đã phủ nhận điều đó. Dù vậy, ông cảnh báo Mkhitaryan phải nỗ lực hơn nữa nếu không muốn đánh mất vị trí ở M.U.
Mourinho nói: “Ở một số vị trí, khi cầu thủ không bị chấn thương, HLV sẽ có rất nhiều sự lựa chọn. Vào thời điểm này, chúng tôi có Paul Pogba, Marouane Fellaini, Ander Herrera, Nemanja Matic và Scott McTominay. Vì vậy, tôi có thể tưởng tượng vào tuần tới, các phóng viên sẽ hỏi – tại sao cầu thủ này không được thi đấu?”
“Tôi không cho Micki (Mkhitaryan) thi đấu vì chúng tôi có rất nhiều sự lựa chọn ở trận đấu đó. Tôi quyết định cho Rashford và Martial đá cùng nhau. Trong nhiều tuần, câu hỏi là tại sao Rashford và Martial không chơi cùng nhau? Giờ vấn đề lại chuyển sang Micki. Câu trả lời rất đơn giản, cho đến khi FIFA thay đổi luật lệ, tôi chỉ có thể đưa ra sân 11 cầu thủ”.