Khi Eto'o còn thi đấu tại Barca, Pep thường thích để Messi đá ở trung tâm hàng tiền đạo dù cầu thủ người Cameroon rõ ràng là 1 tiền đạo cắm hàng đầu thế giới. Eto'o khi đó đã cố gắng để gây ấn tượng với Pep Guardiola. Thậm chí anh còn tuyên bố thẳng với ông thầy người Tây Ban Nha rằng Barca là đội bóng của anh chứ không phải của Messi.
"Tôi đã nói với Pep rằng ông ấy sẽ phải xin lỗi vì chính tôi sẽ giúp Barca giành chiến thắng chứ không phải Messi", Eto'o chia sẻ với BeIN Sports. "Messi rất xuất sắc, nhưng bạn có thể hỏi Xavi, Iniesta và những người khác để biết đó là thời của tôi. Pep đã sống cả đời ở Barca nhưng trong những năm tôi thi đấu ở đó, ông ta chẳng hiểu quái gì về đội bóng cả. Ông ta cũng chẳng thích cách các cầu thủ sinh hoạt nữa".
Eto'o hiện đã 38 tuổi và đang thi đấu cho Qatar Sports Club. Anh nói rằng Guardiola thực tế đã phải xin lỗi anh. "Chính tôi đã mang về chiến thắng cho Barca. Và Pep sau đó đã phải tới xin lỗi tôi", anh nói thêm.
Tuy nhiên những căng thẳng giữa Pep và Eto'o chưa bao giờ thực sự biến mất. Dù đã ghi 30 bàn ở La Liga và là người mở tỷ số trong chiến thắng 2-0 trước M.U tại chung kết Champions League 2008/09, Eto'o vẫn bị bán đi vào mùa Hè năm 2009.
Anh chuyển sang Inter Milan theo hợp đồng trao đổi với Zlatan Ibrahimovic và tiếp tục giành cú ăn ba với đội bóng Italia. Và Eto'o cũng không quên đáp trả ông thầy cũ: "Đó rõ ràng là cơ hội mà Pep đã trao cho tôi và giúp tôi đi vào lịch sử bóng đá. Có lẽ tôi phải cảm ơn ông ấy chứ nhỉ".