Cái dớp của các trận bán kết luôn là nỗi ám ảnh đối với bao thế hệ cầu thủ Villarreal bắt đầu từ mùa giải 2003/04. Năm đó, sau trận hòa 0-0 trên sân nhà trước Valencia, Villarreal đã để thua 0-1 ở lượt về và đành chấp nhận nhìn đối thủ tiến vào trận chung kết UEFA Cup.

Mùa giải 2005/06 là thời điểm Tàu ngầm vàng được đánh giá cao nhờ sở hữu lực lượng đồng đều. Song Villarreal lại thêm một lần nữa phải dừng bước ở bán kết Champions League bởi Arsenal, đội đã thắng họ 1-0 tại Highbury và hòa 0-0 ở trận lượt về tại Tây Ban Nha. 

Vẫn nỗi ám ảnh bán kết tiếp tục đeo bám Villarreal ở Europa League 2010/11 khi họ để thua đậm 1-5 trước Porto ở trận lượt đi, và chỉ giành được trận thắng 3-2 ở lượt về. 4 năm sau, tại bán kết Europa League 2015/16, Villarreal tràn trề hy vọng tiến vào chung kết sau khi có được chiến thắng 1-0 trước Liverpool ở lượt đi, nhưng cuối cùng lại nhận cái kết đắng với thất bại 0-3 ở lượt về. Rõ ràng nỗi ám ảnh bán kết luôn là trở ngại lớn đối với Villarreal, đặc biệt là trên đất Anh, nơi họ từng bị Arsenal và Liverpool đánh bại.