Với vị thế nhà vô địch châu Âu, Real Madrid sẽ nằm ở nhóm hạt giống thứ nhất, hay còn gọi là nhóm hạt giống số một cùng đội vô địch các giải VĐQG hàng đầu châu Âu là Barcelona (Tây Ban Nha), Leicester City (Anh), Bayern Munich (Đức), Juventus (Italia), Benfica (Bồ Đào Nha), PSG (Pháp) và CSKA Moscow (Nga).

Các nhóm hạt giống còn lại sẽ được phân chia tùy thuộc vào thành tích của CLB tại đấu trường châu Âu và vị trí tại giải VĐQG. Theo đó, Arsenal (á quân Ngoại hạng Anh), Dortmund (á quân Bundesliga), Napoli (á quân Serie A), Atletico Madrid, Manchester City (những đội lọt vào bán kết Champions League 2015/16) sẽ nằm ở nhóm hạt giống thứ hai.

Ở nhóm hạt giống thứ ba sẽ là những đội bóng có thành tích thấp hơn như Tottenham, Villarreal hay Lyon… Trong khi đó, ở nhóm hạt giống thứ tư, nhóm hạt giống cuối cùng nhiều khả năng sẽ có sự hiện diện của AS Roma, Monaco, Fenerbahce, Gladbach và PSV Eindhoven. Những cái tên cụ thể chỉ có thể được xác định khi vòng sơ loại Champions League 2016/17 kết thúc.