Ở tứ kết lượt về Champions League hồi tháng 4/2017 giữa Bayern Munich và Real Madrid, Neuer bị gãy xương bàn chân, phải nghỉ thi đấu tới đầu mùa giải 2017/18. Dù vậy, thủ thành 32 tuổi chỉ ra sân được vỏn vẹn 360 phút trước khi một lần nữa lên giường bệnh do tiếp tục gãy xương bàn chân ở trận gặp Mainz vào tháng 9/2017.

Neuer phải rời xa sân cỏ trong phần còn lại của mùa giải - nơi Bayern bảo vệ thành công chức vô địch Bundesliga. Rất may là anh đã kịp tái xuất để tham dự World Cup 2018. Thế nhưng, tại ngày hội bóng đá trên đất Nga, Neuer đã chơi không như kỳ vọng, qua đó khép lại giải đấu đáng quên cùng ĐT Đức. Ở mùa giải 2018/19, Neuer tiếp tục là "người gác đền" số 1 của Bayern.

Chia sẻ về chấn thương kinh hoàng, Neuer cho biết: "Tôi đã có thể làm mọi thứ một lần nữa, không đau đớn gì hết. Tôi cảm thấy biết ơn vì tiếp tục được chơi bóng và hoàn toàn lành lặn. Nếu dính thêm một chấn thương khác trước thềm World Cup, sự nghiệp của tôi có lẽ đã khép lại".

Dù Neuer đã khỏe mạnh song thực tế, phong độ của anh không còn như xưa. Từ vị thế là thủ thành số 1 thế giới, Neuer dần đánh mất mình bất chấp vẫn có chỗ đứng vững chắc ở Bayern. Theo thống kê, tại Bundesliga mùa này, Neuer chỉ cản phá thành công 50% cú sút, thành tích không thuyết phục với một thủ môn tầm cỡ như Neuer.