Sáng 22/10 tại Quảng Ninh, BTC VCK U21 QG 2016 đã tiến hành họp báo, bốc thăm, xếp lịch thi đấu của giải. Kết quả, Than.QN, HAGL, Long An và Đồng Tháp nằm ở bảng A trong khi Á quân An Giang, ĐKVĐ HN.T&T, PVF và Sanna.KH nằm ở bảng B.
Hai bảng đấu được đánh giá khá cân bằng khi các đội mạnh yếu phân bổ khá đều. Theo nhận định, 2 đội bóng Than.QN và HAGL có nhiều cơ hội để giành vé vào bán kết ở bảng A trong khi HN.T&T và PVF được đánh giá nhỉnh hơn so với 2 đối thủ còn lại của bảng B.
Ở lượt trận khai mạc, Than. QN sẽ gặp HAGL (16h00) còn Long An gặp Đồng Tháp (18h00). Trận khai mạc giữa Than.QN và HAGL hứa hẹn sẽ gay cấn. HAGL năm nay được đánh giá rất cao khi hàng loạt cầu thủ vừa chơi ở V.League như Đông Triều, Hồng Duy, Thanh Tùng... đều góp mặt ở VCK.
Đội vô địch sẽ nhận phần thưởng 250 triệu đồng. Các đội hạng nhì và đồng hạng ba sẽ lần lượt nhận phần thưởng 120 triệu và 60 triệu đồng/đội.