Do đội U17 Đồng Tháp xin rút lui vào giờ chót, vì thế chỉ còn 20 đội tham dự nên BTC đã điều chỉnh số đội bóng tham gia tại các bảng cụ thể như sau:
Bảng A: Hà Nội T&T, CAND, Nam Định, Quảng Ninh, Viettel (tổ chức tại Hà Nội).
Bảng B: QNK Quảng Nam, Bình Định, Quảng Ngãi, SLNA, Thanh Hóa (tổ chức tại Quảng Nam).
Bảng C: đội Đắk Lắk, Đồng Nai, Khánh Hòa, Lâm Đồng, PVF (tổ chức tại ban Mê Thuột).
Bảng D: TP.HCM, An Giang, B.Bình Dương, Long An, Tiền Giang (thi đấu tại TP.HCM).
Các đội sẽ thi đấu vòng tròn 1 lượt tính điểm chọn 4 đội đứng đầu mỗi bảng và 2 đội xếp nhì có thành tích tốt nhất vào thi đấu vòng chung kết.
Ngoài ra, trường hợp số đội thi đấu tại các bảng không bằng nhau: khi so sánh các chỉ số để tìm ra 2 đội xếp thứ nhì có điểm và các chỉ số cao hơn vào vòng chung kết.
BTC giải sẽ không tính kết quả của các trận đấu giữa đội xếp thứ nhì gặp các đội xếp cuối tại các bảng có số đội nhiều hơn, sao cho số trận thi đấu của các đội xếp thứ nhì giữa các bảng khi so sánh là bằng nhau.