Ở tuổi 16, 4 tháng và 23 ngày, Messi có trận ra mắt đội một của Barca, khi anh vào sân ở phút 75 trong trận giao hữu với Porto của Jose Mourinho vào ngày 16/11/2003. Màn trình diễn của Messi là khá ấn tượng, khi tạo ra 2 cơ hội và 1 cú sút trúng khung thành, gây ấn tượng với các nhân viên kỹ thuật, và sau đó anh bắt đầu tập luyện hàng ngày với đội dự bị của câu lạc bộ, Barcelona B cũng như hàng tuần với đội một.
Sau buổi tập đầu tiên với đội hình chính, cầu thủ ngôi sao của Barca thời điểm đó là Ronaldinho nói với các đồng đội rằng anh tin cầu thủ 16 tuổi này sẽ trở thành một siêu sao thậm chí còn xuất sắc hơn mình. Ronaldinho sớm kết bạn với Messi, người mà anh gọi là "em trai", điều này giúp cầu thủ người Argentina dễ dàng chuyển sang đội một.
Để có thêm kinh nghiệm, Messi được đưa trở lại Barcelona C, thi đấu trận đầu tiên vào ngày 29/11. Messi đã giúp đội bóng thoát khỏi khu vực xuống hạng của Tercera Division, ghi được 5 bàn thắng trong 10 trận, bao gồm một hat-trick trong vòng 8 phút ở một trận đấu tại Copa del Rey với Sevilla của Sergio Ramos. Sự tiến bộ của Messi được tưởng thưởng bằng bản hợp đồng chuyên nghiệp đầu tiên, được ký vào ngày 4/2/2004 kéo dài đến năm 2012 và có điều khoản mua đứt là 30 triệu euro.
Sau những thành công cùng các đội Barca C và Barca B, Messi được đưa trở lại đội 1 của Barca ở đầu mùa giải 2004/05. Tuy nhiên phải tới ngày 16/10/2004 NHM bóng đá mới được chứng kiến những bước chạy đầu tiên của anh tại La Liga, khi được tung vào sân ở phút 82 thay thế đàn anh Deco trong trận derby xứ Catalan với Espanyol. Đó là thời điểm Messi 17 tuổi, 3 tháng và 22 ngày, trở thành cầu thủ trẻ nhất ra sân tại La Liga trong lịch sử đội bóng (mới đây đã bị Ansu Fati phá).
15 năm đã trôi qua và Messi lúc này đã trở thành một huyền thoại sống, không chỉ của Barca, La Liga mà của cả nền bóng đá thế giới. Ở tuổi 32, trong khi những đồng nghiệp khác đã bước sang bên kia sườn dốc sự nghiệp hoặc tính kế treo giày thì Messi vẫn miệt mài chinh phục những kỷ lục, tìm kiếm vinh quang.
Kể từ khi có trận đấu đầu tiên tại La Liga, sau tròn 15 năm, Messi đã có tổng cộng 604 bàn thắng chỉ sau 692 trận ra sân cho đội bóng xứ Catalan trên mọi đấu trường. Cùng với thành tích ấn tượng này, La Pulga có 10 chức vô địch La Liga, 6 cúp Nhà vua Tây Ban Nha, 4 Champions League, 3 FIFA Club World Cup cùng 5 danh hiệu Quả bóng Vàng và rất rất nhiều những giải thưởng cá nhân, những kỷ lục khác.