Khi Pep Guardiola công bố ý định rời Barcelona vào cuối mùa giải 2011/12, đội bóng xứ Catalunya đã quyết định bổ nhiệm trợ lý của ông là Tito Vilanova làm người thay thế. Vilanova đã làm khá tốt công việc của mình khi giúp Barca giành chức vô địch La Liga. Tuy nhiên, thất bại tan nát với tổng tỉ số 0-7 dưới tay Bayern Munich ở bán kết Champions League cho thấy ông vẫn chưa phải là Guardiola. 3 tháng trước đó, Bayern công bố Guardiola sẽ là HLV tiếp theo của họ, bởi Jupp Heynckes sẽ về hưu vào cuối mùa giải.

Tuy nhiên, Guardiola có lẽ không ngờ rằng, CLB ông sắp dẫn dắt sẽ giành được mọi danh hiệu, phá được mọi kỷ lục và là CLB Đức đầu tiên giành cú "ăn 3" trong mùa giải cuối cùng của Heynckes. Đã xuất hiện tin đồn là Heynckes bực dọc vì bị ép phải ra đi nên đã nỗ lực hết sức để đẩy cho Guardiola công việc khó khăn nhất trong thế giới bóng đá.

Khi nhậm chức, câu hỏi được đặt ra cho HLV người TBN là: Làm thế nào để cải thiện một cỗ máy không tì vết mà không làm hỏng nó? Những tranh luận về chiến thuật trước đó tưởng như là bất tận. Ai đi? Ai ở? Liệu ông sẽ sử dụng sơ đồ 4-3-3? Liệu sẽ có số 9 ảo? Mario Goetze chơi ở đâu? Javi Martinez chơi ở đâu? Dần dần, Guardiola đã đặt dấu ấn cá nhân của ông lên đội bóng, với tầm nhìn của riêng ông. Đội hình 4-2-3-1, đã rất thành công và mang về cú ăn 3, được chuyển thành 4-1-4-1.

Hệ thống mới có nhiều điểm tương đồng với Barcelona của Guardiola. Tuy nhiên, một năm ẩn dật của Guardiola đã giúp ông nảy nở nhiều ý tưởng mới. Thay vì biến Bayern thành Barcelona 2.0, Guardiola đã kế thừa rất nhiều điểm mạnh từ Bayern của Heynckes.

Đầu tiên, Pep Guardiola chỉ sử dụng một tiền vệ trụ, đá lùi và kiến tạo, người luôn là trái tim trong đội bóng của ông. Sergio Busquets trở thành cầu thủ xuất sắc nhất thế giới ở vai trò này khi Guardiola còn ở Barcelona. Pep biết rõ ông sẽ đòi hỏi gì ở vị trí đó. Với những chấn thương vào đầu mùa của Martinez và Schweinsteiger, Guardiola đã thử nghiệm Thiago Alcantara và thậm chí cả Philipp Lahm. Các đường chuyền của Thiago quá nhiều rủi ro, trong khi với Lahm, vốn là một trong những hậu vệ cánh xuất sắc nhất thế giới, Guardiola đã tìm được người mà ông cần (Pep từng khẳng định Lahm là cầu thủ thông minh nhất ông được làm việc cùng).

Thứ hai là lối chơi cầm bóng nhiều và tiqui-taca. Bayern Munich là đội có tỷ lệ cầm bóng cao nhất ở châu Âu mùa này (71,1%). Để so sánh, Man City chỉ cầm bóng có 56,6%. Quan trọng hơn, các cầu thủ Bayern chạm bóng rất ít giữa các đường chuyền. Ngay cả Franck Ribery và Arjen Robben giờ cũng ít rê dắt hơn hẳn. Để bóng luân chuyển liên tục là ưu tiên số một của Bayern mùa này.

Thứ ba là cách Guardiola phân công cặp trung vệ khi đội nhà có bóng. Các trung vệ của Guardiola ở Bayern sẽ dâng cao tới gần giữa sân để hỗ trợ tấn công, trong khi Lahm lùi về để tạo thành sơ đồ 3-4-3. Điều tương tự từng diễn ra với Pique và Barcelona mấy năm trước.

Cuối cùng là mệnh lệnh phải tranh chấp bóng liên tục. Ở Barca, Guardiola nổi tiếng với việc chỉ cho các cầu thủ của ông 5 giây để giành lại bóng sau khi mất quyền kiểm soát. Marcelo Bielsa, một trong những HLV từng hướng dẫn Guardiola (người mà Pep ca ngợi vào năm 2012 là “HLV xuất sắc nhất thế giới”) đã mang ý tưởng đó tới châu Âu và Guardiola mang theo nó sang Đức. Nhờ thế, Bayern cũng có thể chơi phản công với tốc độ đôi khi là không thể ngăn cản.

Ngoài việc mang theo nhiều điều mới từ Barca, Guardiola cũng đã thừa hưởng không ít đặc điểm chiến thuật quan trọng từ đội bóng của Heynckes. Trước tiên là việc hoán đổi vị trí liên tục. Sự cơ động là khác biệt lớn giữa Bayern hiện giờ với Barca của Pep. Dù Guardiola có biến Javier Mascherano thành một trung vệ và Lionel Messi thành số 9 ảo, 90% các trận đấu, người ta có thể đoán chính xác đội hình xuất phát của Barcelona. Tuy nhiên ở Bayern, Martinez từng chơi trung vệ, tiền vệ trụ, tiền vệ trung tâm và thậm chí tiền đạo lùi ở trận sân khách gặp Borussia Dortmund. Xherdan Shaqiri và Thomas Mueller cũng đã được dùng ở vị trí tiền vệ trung tâm. Goetze đá số 9 ảo. Lahm và Schweinsteiger chơi tiền vệ trụ…

Thứ hai là những đường chuyền dài dọc sân. Ở Barcelona, Guardiola cương quyết là phải chuyền ban ngắn dù cho trận đấu có ra sao. Nhưng tốc độ của Bayern và lối chơi gây sức ép liên tục ở Bundesliga khiến điều đó đôi khi sẽ trở thành tự sát. Mỗi trận, sẽ có khoảng 15 phút Bayern chơi với các đường chuyền dài dọc sân từ Dante sang cánh phải để buộc đối thủ lùi lại. Chiến thuật này giúp Bayern đa dạng hóa các hướng tấn công và tạo ra khoảng trống. Họ cũng đã sử dụng những đường chuyền dài để đối phó với lối chơi pressing dâng cao của Dortmund. Một ví dụ khác là bàn thắng của Mueller ở trận gặp Man City tại vòng bảng Champions League.

Thứ ba là khai thác bóng rất nhiều ở hai cánh. David Alaba thường xuyên dâng cao như một tiền vệ trái khi Bayern tấn công, còn Ribery đá như một tiền đạo cánh. Anh kéo hậu vệ phải đối phương ra sát đường biên ngang, tạo ra khoảng trống lớn giữa hậu vệ phải và trung vệ đối phương để Alaba xâm nhập. Điều tương tự cũng diễn ra ở cánh bên kia, nhưng với mức độ thấp hơn.

Đặc điểm chiến thuật cuối cùng mà Bayern còn giữ lại dưới thời Pep là thủ môn chơi như một hậu vệ quét. Victor Valdes cũng thường xuất hiện ở mép vòng cấm địa và tham gia vào các pha phân phối bóng, nhưng Manuel Neuer là một đẳng cấp hoàn toàn khác. Neuer tham gia rất tích cực vào các pha phối hợp bên phần sân nhà và luôn là một lựa chọn cho Dante, Boateng và Lahm mỗi khi họ không thể chuyền hướng lên.

Ngoại trừ trận tranh Siêu cúp Đức với Dortmund và thất bại ở vòng bảng Champions League dưới tay Man City, Bayern mùa này gần như hoàn hảo. Họ đã giành Siêu cúp châu Âu và FIFA Club World Cup, dẫn đầu Bundesliga với khoảng cách 13 điểm, đứng đầu bảng ở Champions League, vào bán kết Cúp quốc gia Đức, ghi 90 bàn và mới lọt lưới 23. Bayern mùa này thậm chí còn có thể làm tốt hơn cú ăn 3 mùa trước!