Rooney là con cả trong một gia đình gồm 3 anh em tại một khu lao động của thành phố Liverpool. Bố anh, cũng tên Wayne, thường xuyên bị thất nghiệp. Mẹ anh, bà Jeanette, chỉ làm lao công bán thời gian tại trường học. 

Bây giờ, vùng Croxteth nơi Rooney sinh ra chỉ nổi tiếng bởi 2 thứ: hang ổ của tội phạm và là quê hương của Rooney. Khi còn nhỏ, Rooney chơi bóng mê say trên đường phố. Cậu bé đá cho đến khi tối mịt, không còn thấy quả bóng nữa mới chịu về. “Ngay khi thức dậy, thứ đầu tiên tôi cầm là quả bóng. Và tôi chơi với nó cho đến khi đi ngủ”.

Những năm tháng ấy, Rooney tự nghĩ ra trò để chơi. Cậu đá quả bóng vồng qua những chiếc xe hơi đang chạy để hướng đến đích ngắm là những biển giao thông. Bức tường trước nhà trẻ bỏ hoang là hàng rào để tập sút xoáy. Năm 10 tuổi, Rooney ra mắt Everton trên vai trò... một chú mascot trong trận derby với Liverpool. 

Thủ môn của Everton ném bóng cho mascot đá một quả “lấy hên” như thường lệ, không ngờ “mascot Rooney” sút vồng qua đầu thủ môn rồi bay vào lưới. Rooney nhớ lại: “Neville Southall (thủ môn Everton hôm ấy) không thích điều ấy, anh ấy mắng tôi là ngựa non thích thể hiện”.

Một điều có thể nhiều người chưa biết: thần tượng đầu tiên của Rooney là Jari Litmanen. Anh nói: “Tôi xem anh ấy thi đấu rất nhiều. Tôi mê mẩn cách anh ấy di chuyển và tìm khoảng trống cho mình. Jari rất kiên nhẫn, trông anh ấy thi đấu như không có gì vội vã cả, nhưng chỉ cần đánh hơi thấy cơ hội là Jari sẽ lập tức chiếm lấy vị trí ghi bàn. Càng tập luyện nhiều thì càng nhuần nhuyễn, tôi đã học theo cách chơi ấy”.