Dù là trụ cột của M.U trong giai đoạn thành công cuối thập niên 1990 nhưng Stam đã bị tống khỏi sân Old Trafford không thương tiếc sau khi anh ra mắt cuốn tự truyện gây tranh cãi "Head to Head" (tạm dịch: Đối đầu). Trong cuốn sách này, trung vệ người Hà Lan tiết lộ Sir Alex đã tiếp cận anh mà không có sự cho phép của PSV.
Cuốn tự truyện đã gây ra scandal lớn vào thời điểm đó và Man United không ngần ngại tống cổ anh sang Lazio với giá 15,3 triệu bảng. Tuy nhiên Stam tin rằng sự việc đã bị đồn thổi quá mức trên truyền thông thành cái cớ để Man United bán anh đi.
Stam và Sir Alex đã rạn nứt quan hệ vì quyển tự truyện của cựu cầu thủ người Hà Lan
"Vào thời điểm đó M.U đã sử dụng lý do này để đuổi tôi đi", Stam chia sẻ trên Sky Sports. "Thật khó để nói 'không sao, chúng tôi sẽ bán Jaap' mà không có lý do. Cuốn sách ra đời vào thời đó là cái cớ hợp lý nhất".
Một yếu tố khác trong lập luận của Stam là Man United đã thực hiện một số bản hợp đồng chuyển nhượng lớn vào mùa Hè đó và họ cần cân bằng chi tiêu. Juan Sebastian Veron (28,1 triệu bảng) và Ruud van Nistelrooy (19 triệu bảng) là những vụ đầu tư đầy tốn kém.
Ferguson đã nói rằng việc để Stam ra đi là một sai lầm và chính bản thân cựu cầu thủ người Hà Lan cũng rất ngỡ ngàng vì quyết định này.
Kể từ khi giải nghệ vào năm 2007, Stam đã chuyển sang làm công tác huấn luyện nhưng chưa có được thành công đáng kể nào. Các đội bóng mà ông dẫn dắt cũng chỉ là các đội làng nhàng như Zwolle (Hà Lan) hay Reading (Hạng Nhất Anh).