Mùa giải này John Stones không thường xuyên được đá chính trong đội hình của Man City, dù rằng đã có 36 trận ra sân. Tại Ngoại hạng Anh, cựu cầu thủ Everton thi đấu 31 trận, nhưng chỉ có 20 trận có mặt ở đội hình xuất phát. Ở sân chơi Champions League, Stones thậm chí còn không được thi đấu ở cả vòng 1/8 và tứ kết (1 không được đăng ký, 3 ngồi dự bị).
Những chấn thương vụn vặt luôn khiến John Stones không đảm bảo nền tảng thể lực tốt nhất, đặc biệt là trong giai đoạn nước rút cuối mùa. Chính điều này khiến tương lai của cầu thủ 24 tuổi tại sân Etihad bị nghi ngờ, khi BLĐ đội bóng vẫn đang liên hệ hỏi mua trung vệ Matthijs de Ligt của Ajax.
Tuy nhiên, theo truyền thông Anh đưa tin, trong bối cảnh thủ quân Vincent Kompany và trung vệ Nicolas Otamendi đều đã ngoài 30 tuổi, không còn gắn bó lâu dài với đội bóng, ưu tiên hàng đầu là sớm trói chân Stones, coi anh là hạt nhân trong việc xây dựng đội hình của HLV Guardiola.
Hợp đồng hiện tại của Stones với Man City còn thời hạn tới tháng 6/2022 cùng mức lương 120.000 bảng/tuần. BLĐ Man City muốn nâng mức lương của cựu cầu thủ Everton thành 180.000/tuần cùng giao kèo có thời hạn tới tháng 6/2025, giống với những gì họ từng làm với trường hợp của trung vệ Aymeric Laporte hồi tháng 2 vừa qua.