Đầu mùa 2018/19, Mourinho đã chọn Valencia là đội trưởng thay thế Michael Carrick giải nghệ. Thế nhưng, đi theo việc hậu vệ người Ecuador không được thi đấu nhiều ở mùa giải này, mối quan hệ giữa 2 bên đã xấu đi trông thấy. Valencia đã vắng mặt 12 trận ở mùa 2018/19 trong khi cả mùa trước, anh không chơi 17 trận trên tất cả các đấu trường.
Hồi đầu tháng 10, thời điểm mà M.U thi đấu tệ và có nhiều chỉ trích nhắm vào Mourinho, Valencia đã “đổ thêm dầu vào lửa” khi thích một bài đăng trên Instagram kêu gọi sa thải HLV người Bồ Đào Nha. Sau đó, Valencia đã cuống cuồng xin lỗi Mourinho. Nhưng có vẻ, “Người đặc biệt” vẫn chưa tha thứ cho hành động này của học trò.
Cách đây 2 tuần, Valencia đã khoe video anh tập luyện trong phòng gym để thể hiện quyết tâm sớm trở lại sân cỏ sau chấn thương. Tuy nhiên, đội trưởng M.U bị Mourinho dội cho gáo nước lạnh ngắt. Mourinho bình luận: “Tôi vừa xem cái gì đó hài hước trên Instagram của Valencia. Anh ấy hô ‘tập luyện, tập luyện, tập luyện’. Nhìn có vẻ quyết tâm nhưng Valencia tập một mình, không bóng và không đồng đội. Anh ấy chưa sẵn sàng”.
Trước những bình luận của Mourinho, Valencia đã phản pháo ông thầy là người nói dối. Hậu vệ người Ecuador bình luận: “Việc tôi không được ra sân là một quyết định chiến thuật hơn (thay vì việc Valencia chưa sẵn sàng trở lại sau chấn thương). Cầu thủ thay thế tôi đã chơi tốt và tôi phải tôn trọng điều đó. Điều duy nhất tôi có thể làm là chuẩn bị sẵn sàng để tận dụng cơ hội khi được sử dụng”.